在达尔文死后一百年，进化论是否已从“理论”进化为许多人心目中的“事实”了？某些人所争论的是进化到底只是改进了物种（微进化论），还是创造了物种（广进化论）？
要替广进化论辩护极为困难，因为许多疑问还没有答案。例如小小的基因就有下列几个大难题：（一）不可思议的成形：受精卵开始分裂的时候，每个细胞都是一样的，但却不会长成一个七磅的大耳朵或六磅半的大鼻子。是什么力量使这些细胞越长越不同，而又照着蓝图去组合的？试想若把一个手表的零件放在一个纸袋里摇一摇就可以变出一个装配好的表，是多么不可思议？（二）不可思议的自我调节：一个已分裂出许多细胞的昆虫胚胎若分隔成两半，不会长成一个上半身及一个下半身，却会长成两个较小的昆虫。是谁教这些细胞自动改变角色的？（三）再生能力的奇妙：许多昆虫若少了一只脚，会再长出一只一样的来；是那几个特别聪明的细胞干的？
有太多的现象不是“适者生存”所能解释的。因此许多遗传学家认为生物奇妙的特性不是基因突变的“结果”，乃是基因改变的“原因”。但后天的学习如何进入基因？
哈佛心理学家麦道格（McDougall）企图以实验证明学习到的技能可以经遗传基因传给下一代。他在长达三十四年的实验中用迷阵训练老鼠寻找出口，发现老鼠的下一代总是比上一代学习更快。为了进一步证明物种进化不是经由适者生存，他选用学习最慢的老鼠繁殖下一代。令他大为惊讶的是下一代仍然比上一代进化。短短二十二代后的老鼠学习速度是第一代的十倍。一位严厉批评麦道格的生物学家克鲁（Crew）想驳斥他做的实验，却自己也得到同样结果。第一代要经过数百次的训练，后代却往往几次就够了。
如果生物的技巧或知识（例如蜘蛛结网）不包含在基因里，那是在那里呢？如果没有一个超自然的力量促成，这些“自然现象”怎能产生呢？
