犹太教，伊斯兰教及一些假冒基督教的异端常指责正统基督教敬拜三位神：父，子和圣灵。这项指控反映人对正统基督教的极大误解。基督教坚称，一神以三位一体（trinity）存在：神有三个“位格”（persons），但只有一个“实质”（essence）。
特土良（Tertullian，约主后160-220）是第一个用“位格”和“实质”这两个字眼阐述三位一体教义的人。他写道：“神以三个〔位格〕存在─父，子和圣灵：然而，三位不在于存在的状态（condition），而在于度量（degree）；不在于本质（substance），而在于形式（form）；不在于能力（power），而在于展示的层面（aspect）；却同属一个本质，一个状态，一个能力，因为祂是一位神，按这些度量，形式和展示得以被认识，称为父，子和圣灵。”（驳帕克西亚Against Praxeas，第二章）尼西亚会议（主后325）原则上确定了三位一体的教义，其后君士坦丁会议（主后381）也反映出此教义。这些会议都确证，这项教义从使徒开始，就在教会传承下来。
今天获得大多数教会承认的尼西亚信经（其实是主后381年君士坦丁会议所制订），可能是早期三位一体教义最为人熟悉的表述。它把父，子和圣灵视为神性的三个不同位格。在主后382年的会议信函中，君士坦丁会议也制订了这教义的最早期普世教会版本，用上“位格”和“实体”的明确字眼。“父，子，圣灵同是一位神性，能力和本质，在三个完美的位格（hypostases）中，享有同等的尊荣。”（尼西亚及尼西亚后期教父，系列2，册14.1，页188-190）这仍然是今天的标准定义。
三位一体的基本概念是：父，子和圣灵是同等，并同为永恒的自觉中心，每一位以“我”与其他两位“你”相系，每一位都与其他两位分享完全的神圣实质。祂们不是一个位格扮演三个角色（形态论，modalism），也不是三个神集合在一起（三神论）。三个位格从亘古就已同存同工。每一位都参与其他两位所作的一切，因为父在子里面，子在父里面（约一○：38）；圣灵是神的灵，也是基督的灵（罗八：9）。但圣经也强调三个位格工作的一般分别：三位的共同意旨，由父发令，子遵行，圣灵执行。我们必须对神的三位给予相同的注意，给予同等的尊崇，同时总要记得我们只敬拜以三个位格存在的一位神。
三位一体的教义虽然没有在圣经中申明，但它恰当地总结了圣经的教导。旧约一贯主张只有一位神，就是那位自我启示的创造者，除了祂以外，人不可敬拜和爱慕别的神（申六：4-5；赛四四：6至四五：25）。新约赞同这一点（可一二：29-30；林前八：4；弗四：6；提前二：5），但也提及三个位格是全然神圣的：父，子和圣灵。新约确证耶稣的神性，力指人应当敬拜祂，并向祂祷告（约一：1-5，二○：28-31；参约一：6-18；徒七：59；罗九：5，一○：9-13；林后一二：7-9；腓二：5-6；西一：15-17，二：9；来一：12；彼前三：15）。新约又指出，圣灵是像基督那样的“保惠师”（约一四：16），祂对于教会至少与道成肉身的主一样美好和贵重（约一四：16-17,26，一五：26-27，一六：7-15）。对于教会要与耶稣一样贵重，圣灵也必须是神，这是教会从一开始就承认的事实（徒五：3-4）。
基督自己也主张三位一体的教导，祂吩咐门徒“奉父子圣灵的名，给他们施洗”（太二八：19）─三个位格同有一个名，因为祂们是一位神。我们也可以从一些显示出各位格作出同等贡献的地方，看到三位一体的教义。例如，在耶稣受洗的时候，父确认子，而圣灵则彰显出祂在子的生命和事奉中的同在（可一：9-11）。在以弗所书第一章3至14节，我们看到救恩是三位一体神的工作：父拣选，子完成，圣灵履行。许多其他新约经文也提到父，子，圣灵是同等的位格（例：罗一五：16；林后一三：14；来九：14；彼前一：2）。虽然“三位一体”这个神学专有名词没有在新约中出现，但三位一体的信仰和思想却遍布圣经的字里行间。所以，必须公认三位一体为圣经的教义。
