教会存在的结构，组织与功能方面与世上其他宗教的结构，组织和功能有不少相似之处：如筹备委员会，理事会，会章，会所，联络会员感情，关顾会员福利等。但教会的存在还有一些独特的要素是其他宗教所没有的，现根据耶稣基督自己的教导分述于下：
一.耶稣是教会存在的根基
主耶稣说：
“我要把我的教会建造在这磐石上。”（太一六：18）
耶稣宣告教会是“祂的”，这“磐石”就是祂自己。祂引用诗篇的预言，说明“匠人所弃的石头，已作了房角的头块石头。”（太二一：42，诗一一八：22-23）房角的头块石头就是根基的意思。使徒保罗对满有希腊哲学理论的哥林多教会宣告：“那已经立好的根基，就是耶稣基督，此外没有人能立别的根基。”（林前三：11）
在教会历史中，我们看见不断有人以某位属灵领袖，某神学家的系统思想，或某种理论为教会的“根基”（虽然他们的信仰宣言中仍有“基督为我们信仰与生活的根基”）。因此不断有教派之争，而这些所谓的教会，当遭到试炼逼迫时，往往会像草木禾秸被火烧毁掉。
二.基督生命之道已经得胜死亡与撒但的权势
马太福音第十六章18节，中文和合本译“阴间的权柄〔门〕不能胜过他。”希腊文圣经是“阴间的门没有能力胜过他 （The gates of hades shall not over power it.）”，英文新国际译本也翻译为：“the gates of Hades will not over come it.”
耶稣宣告：“我是复活，我是生命。”（约一一：25，一四：6）阴间的门是指死亡的权势，死亡的权势就是罪（参林前一五：56）。
耶稣已经从死里复活，说明祂是生命的主，已经得胜死亡（阴间）。教会的信徒因信而与基督同死，同复活。所以要圣洁不犯罪，将基督复活生命的大能运用在世上的日常生活中。这样，阴间就没有能力胜过教会的信徒。因此教会必须建立日常生活圣洁得胜罪恶的见证。而不是放纵肉体情欲，然后为求良心的平安不断承认那没有懊悔，不肯改过的罪行。教会如果一直停留在基督宝血赦罪的功能，而不着重基督宝血得胜罪恶的大能，信徒的灵命是不会强壮有力的，教会的见证就失去英勇得胜的号召力！
三.基督与奉主名的聚会同在的客观事实
基督对门徒说：“无论在哪里，有两三个人奉我的名聚会，那里就有我在他们中间。”（太一八：20）“奉主的名”希腊文的意思是“在主的名里面”（In my name），就是在主耶稣的救赎，真理，权能，生命里面。这不是“口号式”的一句宣告，而是心灵里实际地接受这些真理的事实。“就有主在他们中间”，这句话不是指空间的同在，而是指心灵生命的合一。人与人之间的“心心相印”，“意会神通”也不是空间的事；而是心灵思想的事。这不是人数众多，气氛热烈的事；而是心正意诚，生命交流享受的事。这也不是时间长久，情绪翻腾的事；而是超越时空，突破感受完全融和的生命合一。主耶稣与按祂真理而聚会的信徒同在，是一个永远客观的事实，信徒有限的感情是不能肯定或否定的。只要用信心相信，接受，交托，就可以享受这同在的事实。
四.基督的教会是超越的，又是居衷的
基督复活后对门徒颁布大使命：
“天上地下所有的权柄都赐给我了。所以，你们要去，使万民作我的门徒，奉父子圣灵的名给他们施洗〔或施洗归于父子圣灵的名〕。凡我所吩咐你们的，都教训他们遵守，我就常与你们同在，直到世界的末了。”（太二八：18-20）
这大使命说明教会的超越性与居衷性。基督宝血救赎的教会是生命的，属灵的，真理的，所以一定要超越种族，文化，语言，国家，以及一切的相对理论。而同时又溶化在一切的种族，文化，国家及相对理论之中。这是基督救恩的特性，是世上宗教所没有的。
可是在教会历史中，我们发现教会常常偏差走极端。有部分的教会领袖按其个性爱好，偏重某一二点的教训，走上“超凡入圣”“不食人间烟火”的出世修道的路线，他们自命是最蒙爱的一群，不但与世俗隔离，也与一切与他们见解不同的信徒隔离。这种人不是“超越”，而是“自闭”。另有部分的教会领袖为求声势浩大，可以影响世代，而不求素质，只求数量；凡肯顺服他的指挥，盲目崇拜他为英雄的，就兼储并收，形成大杂荟。这班人少有经过圣灵的重生，又不认真学习圣经全面教义。他们常将各文化中不合圣经真理的思想，意识，风俗，礼仪都带到教会中，取代教会独一的根基──耶稣基督；以同流合污的恶行腐化圣洁得胜罪恶的生命力，以情绪一时的亢奋来满足虚空破碎的心灵。这种教会不久就会如撒狄教会般“名存实亡”（参启三：1）。今日一些快速兴旺的教会当在这方面细心检讨。
教会的超越性与居衷性是：一位圣灵，一位主宰，一位父神，是超乎众人之上，贯乎众人之中，也住在众人之内的（参弗四：4-6）。这是在基督宝血的生命救赎中完成的超越与居衷：就是超越种族的，又是居衷于各种族；是超越犹太人与非犹太人，又是在犹太人与非犹太人之中；是超越所谓“希腊文明”的文化人与“非希腊文明”的化外人，又居衷于希腊文明的文化人和在非希腊文明的化外人；是超越希腊，罗马，埃及，波斯等国家，又是居衷于世上一切的国家；是超越希伯来语文，希腊语文，拉丁语文之上，又是居衷于希伯来语文，希腊语文，拉丁语文。因此，教会不属于任何民族，文化，国家，语文，却同时也在任何民族，文化，国家与语文之中。教会的领袖如果真实明白这些真理，就知道当努力的目标是：基督宝血生命的永恒真理；而不是：种族的强弱，文化的高低，国家的富贫，语言的纯杂等次要的问题了！
